PERSIS Solo versi Liga Indonesia sukses menutup kompetisi Divisi Utama musim 2013 dengan bertengger di posisi ke-3 klasemen. Meski begitu, PERSIS gagal lolos ke babak 12 besar karena tidak mampu menyelesaikan musim di dua peringkat teratas ataupun peringkat tiga terbaik.

Pada pertandingan pamungkas, PERSIS berhasil menaklukkan Rheza Mojokerto Putra dengan hasil akhir 3-1. Keunggulan PERSIS berawal dari dwigol yang dicetak oleh Yanuar Ruspuspito pada menit ke 15 dan 33. Satu gol tambahan lainnya disumbangkan oleh Indra Gunawan di menit ke 42. Rheza Mojokerto Putra hanya mampu membalas melalui satu gol saja melalui Bima Ragil di menit ke 56.

Dari 12 laga yang dijalani PERSIS di grup 5 penyisihan Divisi Utama Liga Indonesia 2013, PERSIS meraih lima kemenangan, tiga kali hasil seri dan sisanya empat laga berakhir dengan kekalahan. Di musim ini pun PERSIS masih terbagi menjadi dua tim, yang terjun di Divisi Utama versi LI dan Divisi Utama versi LPIS.